كثيرًا ما شَكّل عدّ الحكومة بوصفها حكومة خدمات لا علاقة لها بالشأن السياسي موضع خلاف أو جدل داخل أطر الحكومة نفسها أو مؤسسات المعارضة بشكلٍ عام، وجعلها تتعرض لانتقادات بسبب تدخلها في الشؤون السياسية التي تُعدّ خارج نطاق اختصاصاتها
كثيرة هي الاتهامات التي تُوجّه لـ (جيش الإسلام) بمسؤولية عما حدث من اقتتالٍ داخل الغوطة وما نتج عنه، وباعتقاله لناشطين ومقاتلين معارضين لسياساته، ورفضه تسليم بعض المتورطين في قضايا الاغتيالات داخل الغوطة الشرقية. الناطق باسمه يرد على هذه الاتهامات
يتحدث الموضوع عن تصريحات، خص بها القيادي الأحوازي، صلاح أبو شريف صحيفة جيرون، حول حالة التلاقي بين الثورتين: السورية والأحوازية.